Фамилия Мишинькина — редкий случай, когда суффикс выдает не просто принадлежность, а ласкательное отношение. В основе лежит имя Михаил, но не напрямую, а через уменьшительно-ласкательную форму Мишинька. Если бы фамилия образовалась от полного имени, она звучала бы как Михайлов. А здесь мы видим двойной суффикс: сначала -иньк- (как в «доченька», «Васенька»), который превращает имя в домашнее, нежное прозвище, а потом стандартный -ин, указывающий на принадлежность: «чей?» — Мишинькин, то есть сын, внук или человек из семьи того, кого ласково звали Мишинькой.

Такая модель образования (от уменьшительного имени с суффиксом -иньк-) встречается нечасто. Обычно фамилии на -ин образуются от основ на -а/-я (Мишин, Петин), а здесь основа кончается на согласный звук «к», поэтому прибавляется не -ов, а -ин. Сравните: Мишкин — от Мишка (грубоватое), Мишенькин — от Мишенька (нейтрально-ласковое), а Мишинькин — от Мишинька (подчеркнуто нежное, почти детское). Это говорит о том, что прозвище дали в кругу семьи, а не на улице или в официальной среде.

Географически фамилия тяготеет к центральным и северным русским областям, где были распространены формы с суффиксом -иньк-. В южных говорах чаще встречались бы варианты вроде Мишенков или Мишиньков (с ударением на другой слог). В написании Мишинькина сохраняется мягкий знак перед суффиксом, что редкость: многие подобные фамилии со временем теряли его (Мишинкин вместо Мишинькин), но здесь орфография закрепила первоначальное произношение.

Сословно носители фамилии, скорее всего, были крестьянами или мещанами. В дворянской среде такие «домашние» формы не приживались — там предпочитали фамилии от полных имен или географических названий. А вот в деревенском быту ласковое прозвище Мишинька легко могло стать основой для фамилии, когда после отмены крепостного права крестьянам массово давали фамилии по прозвищам отцов.