Фамилия Мисишина — женская форма фамилии Мисишин, и её происхождение напрямую связано с мужским прозвищем или именем Мисиша. В основе лежит суффикс -ин, типичный для русских фамилий, образованных от личных имён или прозвищ, оканчивающихся на -а/-я. Такая модель указывает на принадлежность: Мисишин буквально означает «сын (или потомок) Мисиши».

Само слово Мисиша скорее всего является разговорной или диалектной формой. Наиболее вероятная версия связывает его с каноническим именем Михаил. В народной речи имя Михаил претерпевало множество сокращений и видоизменений: Миша, Мишутка, Мися, а форма Мисиша могла возникнуть как ласкательный или просторечный вариант с характерным для северных и центральных русских говоров суффиксом -иш(а). Подобные образования (например, Федиша от Фёдор, Ваниша от Иван) встречаются в исторических документах, хотя и реже, чем стандартные уменьшительные.

Менее распространённая, но допустимая версия — происхождение от нецерковного имени или прозвища Мис, которое могло быть связано с диалектным словом «мис» (в некоторых говорах — «миска», «чашка») или с глаголом «мисить» (месить, мять). В таком случае Мисиша — это человек, имеющий отношение к глине, тесту или просто получивший прозвище по предмету обихода. Однако эта гипотеза слабее, так как не имеет широкой фиксации в ономастических источниках, в отличие от производных от Михаила.

Фамилия Мисишина встречается нечасто, что говорит о её локальном происхождении. Наибольшая концентрация носителей, судя по современным данным, наблюдается в Поволжье, в частности в Ульяновской и Самарской областях, а также в некоторых районах Татарстана. Это может указывать на то, что фамилия закрепилась в среде русского старожильческого населения или среди обрусевших представителей других народов региона, где имя Михаил было распространено в местных вариантах.

Таким образом, предок современных Мисишиных, скорее всего, был человеком по имени Михаил, которого в быту звали ласково или пренебрежительно Мисишей. Фамилия не указывает напрямую на сословие или ремесло — она принадлежит к разряду «патронимических», то есть образованных от отчества или прозвища отца.