Фамилия Мисоченко — яркий пример украинской модели фамилий на -енко, которая означает «маленький», «сын» или «потомок» человека, названного в основе. В данном случае основа — Мисоч (или Мисок). Такие фамилии массово формировались на Левобережной и Слободской Украине (современные Черниговская, Полтавская, Сумская, Харьковская области) в XVI–XVIII веках, когда суффикс -енко стал главным маркером семейной принадлежности, вытеснив более архаичные формы.

Корень «Мис-» может отсылать к двум разным источникам. Первый — уменьшительная форма от имени Дмитрий: в украинском быту Дмитра могли звать Митя, Мицько, а в некоторых говорах — Мис. Если так, то Мисоченко — это «внук Мити» или «потомок Миса». Вторая, более прозрачная версия — связь со словом «миска». Прозвище Мисочка или Мисок мог получить человек, который делал или продавал миски, либо тот, у кого была круглая, как миска, голова или лицо. В украинской ономастике прозвища по предметам быта — обычное дело, и фамилии вроде Мищенко, Мишковский, Миско — не редкость. Вариант Мисоченко — прямая производная от слова «мисочка» (маленькая миска), что делает прозвище очень конкретным и наглядным.

В написании фамилии интересна двойная возможность: в русской традиции её часто фиксировали как Мисоченко, а в украинской — как Місоченко. На слух разницы нет, но на письме буква «і» указывает на украинское происхождение: в украинском языке «миска» — це «миска», а вот уменьшительное «місочка» уже с «і». Впрочем, в метрических книгах XIX века встречаются оба варианта, и путаница с «и»/«ы» в корне — обычное дело для пограничных территорий.

Сословно Мисоченко — почти наверняка казацко-крестьянская фамилия. На Украине фамилии на -енко носили в основном свободные люди: казаки, мещане, государственные крестьяне. Дворянских родов с таким окончанием почти нет — это маркер демократичной среды. Сегодня фамилия встречается в России (особенно в Ростовской области и Краснодарском крае — следствие переселений), в Украине и в диаспоре, но нигде не входит в топ-1000, оставаясь редкой и локальной.