Фамилия Мисочкина — это «материнская» форма, образованная от женского прозвища Мисочка. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Мисочкина буквально значила «дочь (или жена) Мисочки». В русской ономастике такие фамилии нередко давали по матери, если она была вдовой или пользовалась в округе большим авторитетом, чем муж.

Основа прозвища — слово «миска», но не в современном бытовом значении. В старину мисочкой могли назвать мастера, делавшего деревянную или глиняную посуду: мисочника, чашечника. В говорах слово «мисочка» также имело переносный смысл — так говорили о человеке с круглым, полным лицом, похожим на перевёрнутую чашу. Оба варианта правдоподобны, но ремесленная версия надёжнее: прозвища по профессии давали чаще, чем по внешности, и они легче закреплялись в качестве фамилий.

Фамилия редкая, встречается преимущественно в центральных областях России — в Тверской, Московской, Ярославской губерниях. В XIX веке её могли носить крестьяне и мещане, потомки тех самых ремесленников-мисочников. Интересно, что в писцовых книгах XVI–XVII веков фигурирует слово «мисочный» как определение сосуда или налога (мисочная пошлина), но к фамилии это прямого отношения не имеет — скорее, показывает, насколько привычна была эта утварь в хозяйстве.

Однокоренные фамилии — Мискин, Мисков, Мисочкин — образованы от той же основы, но с разными суффиксами. Мисочкина стоит особняком: она сохранила уменьшительно-ласкательный суффикс -очк-, что делает её самой «домашней» в этом ряду.