Фамилия Мисшагин — редкая и неочевидная с первого взгляда. Её основа — не имя и не профессия, а скорее всего, прозвище, связанное с диалектным словом. В русских говорах, особенно на северо-западе и в Поволжье, «мисшагой» или «мишшагой» могли называть медлительного, нерасторопного человека, того, кто «мисшает» — мешкает, копается, делает всё с ленцой. Глагол «мисшать» (или «мешкать») — вариант того же корня, что и «медлить», «мешкотный». Таким образом, Мисшагин — потомок человека, получившего прозвище за неторопливость или задумчивость.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Мисшагин — «сын Мисшаги» или «из семьи Мисшаги». По модели образования это типичная русская фамилия-патроним (от прозвища) или отчество, но не от крестильного имени, а от бытового слова. Двойная «с» в корне — результат сращения приставки или просто особенности произношения: в живой речи «мисшага» звучало как «мишшага», и на письме это закрепилось.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным областям России. Встречается в Вологодской, Костромской, Кировской областях, изредка — в Пермском крае. Она никогда не была массовой, и её носители — потомки крестьян, скорее всего, государственных (не помещичьих), поскольку в среде крепостных такие «характерные» прозвища давали чаще, чем в дворянской среде.

В ономастических словарях фамилия не фигурирует как общеизвестная, но это не делает её менее интересной. Она — пример того, как обычное диалектное слово, почти исчезнувшее из живой речи, сохранилось в фамилии. Сравните с однокоренными: Мешков (от «мешок»), Медликов (от «медлить») — но Мисшагин стоит особняком, потому что его основа не имеет литературного аналога. Если искать параллели, то ближайшая — фамилия Мисюрев (от «мисюр» — шлем), но это совсем другая история. Мисшагин — про характер, а не про вещь.