Фамилия Мисценко звучит как типичная украинская фамилия, и это первое, что бросается в глаза. Суффикс -енко, по данным ономастов, в том числе Б. Унбегауна, указывает на происхождение с территории Украины и означает «маленький», «сын» или «потомок». То есть Мисценко — буквально «сын Мисця» или «потомок Мисця». Вопрос в том, что скрывается за этим именем.

Корень «Мис-» в украинском языке чаще всего ведет к слову «місто» — город. В старину «міщанин» означало жителя города, мещанина. Соответственно, Мисць (или Мисько) — это уменьшительное прозвище от «міщанин», которое могло закрепиться за человеком, перебравшимся из города в село, или за тем, кто вел себя по-городскому. Вторая, менее распространенная версия, связывает основу с польским или белорусским словом «мись» (медведь), но для украинского ареала это маловероятно: там медведь — «ведмідь».

Стоит обратить внимание на написание фамилии через «ц». В украинском языке после корня на «с» часто появляется чередование «с/ц» в уменьшительных формах: «місто» — «Мисько» (с мягким знаком), но в фамилиях мягкость могла утрачиваться, и появлялось «Мисц-». Таким образом, Мисценко — это вариант, где основа «Мис-» сочетается с патронимическим суффиксальным элементом. Географически фамилия встречается в центральных и восточных областях Украины, особенно в Черкасской и Полтавской, что совпадает с зоной распространения фамилий на -енко.

Предок носителя фамилии, скорее всего, был мещанином — горожанином, который не принадлежал к дворянству или крестьянству, а занимался ремеслом или мелкой торговлей. В XIX веке мещане составляли значительный слой населения малороссийских городов и местечек, и прозвище «Мисць» могло закрепиться за целым родом. Фамилия не имеет отношения к военной или казацкой тематике, что отличает её от более звучных вариантов вроде Мисюренко.