Фамилия Митофир — редкая, и её происхождение почти наверняка не связано с русской ономастической традицией. В ней нет привычных славянских суффиксов -ов, -ин или -ский, поэтому искать корни стоит не в крестьянских прозвищах Древней Руси, а в другой языковой среде. Скорее всего, перед нами фамилия греческого или румынского происхождения, которая попала в русский язык при переселении народов, через духовенство или смешанные браки.

Наиболее вероятная версия: Митофир — это русифицированная форма греческой фамилии Митофирис (Μητοφύρης). В греческом языке основа «Μήτο» (Мито) может восходить к имени Димитрий (в краткой форме Димит или Мито), а вторая часть «-φύρης» — к глаголу «φέρω» (нести, носить) или существительному «φύρα» (тесто, смесь). В таком случае фамилия могла означать «носящий Димитрия» (то есть посвящённый святому Димитрию) или «смешивающий» (возможно, прозвище пекаря или винодела). Однако в греческой ономастике чаще встречаются фамилии с окончанием -όπουλος или -ίδης, а Митофирис — редкая, локальная форма.

Другой вариант — румынское происхождение. В румынском языке есть слово «mitoc» (невежда, грубиян), но переход в «митофир» маловероятен. Более правдоподобно, что фамилия образована от личного имени Mitofir, которое в свою очередь могло быть вариантом имени Mitrofan (от греческого «Митрофан» — «явленный матерью»). В русских документах XIX века встречаются единичные записи: например, крестьянин Митофир Иванов в Херсонской губернии или мещанин Митофир Коваль в Бессарабии. Эти регионы — юг Российской империи и Молдавия — как раз зона контакта с греческой и румынской культурами.

Если отбросить гипотезы, остаётся одно: у фамилии нет славянской этимологии. Её носители — потомки выходцев из Греции или Румынии, возможно, переселившихся в Россию в XVIII—XIX веках. Социально они могли быть священниками (греческое духовенство часто носило фамилии на -ис), торговцами или ремесленниками. Сегодня Митофир встречается настолько редко, что в открытых базах данных (например, «Мемориал» или списки ЗАГС) насчитывается не более нескольких десятков человек с такой фамилией по всей России.