Фамилия Мижейкина образована по самой распространённой в русской ономастике модели — с помощью притяжательного суффикса -ин, указывающего на принадлежность. Это женская форма фамилии Мижейкин, так что в основе лежит мужское прозвище или имя Мижейка.

Корень «Мижей-» восходит к разговорной форме крестильного имени Михей. В русской народной традиции полные церковные имена часто усекали и добавляли уменьшительные суффиксы: Михей превращался в Михея, а затем в Мижея (замена «х» на «ж» — типичное для диалектов смягчение, как в «Михайло» — «Мижа»). Суффикс -к- в Мижейка придавал прозвищу ласкательный или бытовой оттенок: так могли называть младшего сына, парня или просто человека небольшого роста или с мягким характером. Имя Михей в переводе с древнееврейского означает «подобный Богу», но в прозвище это значение уже не читалось — оно стало личным именованием.

Встречаются и альтернативные версии, менее вероятные. Например, связь с литовским или белорусским словом «мижей» (от «мижа» — «межа, граница»), что могло бы указывать на человека, жившего на рубеже земель, или на того, кто занимался межеванием. Но в русских говорах такое слово не зафиксировано, а фамилия Мижейкина встречается в основном в центральных и северных областях России, где имя Михей было распространено. Поэтому происхождение от имени — основное.

Географически фамилия редкая. Встречается в Вологодской, Костромской, Кировской областях, единичные случаи — в Сибири. Это говорит о том, что род, скорее всего, был крестьянским или посадским: в дворянской среде фамилии на -ин чаще оформлялись от полных имен (Михеев), а Мижейкин — более народный, бытовой вариант. Никакой громкой истории за фамилией не числится, но это как раз и типично для большинства русских фамилий: они рассказывают не о знаменитых предках, а о том, как в семье называли обычного человека — Мижейку.