Фамилия Мкалдопкенов — редкий случай, когда написание почти полностью скрывает происхождение. На первый взгляд она кажется искусственной или сложносокращённой, но на самом деле за ней стоит прозрачная тюркская модель, искажённая при записи в русских документах.

Ключ к разгадке — суффикс -кенов. Это вариант суффикса -кен (или -ген) с русским патронимическим окончанием -ов. В тюркских языках, особенно казахском, киргизском и каракалпакском, суффикс -кен образует прилагательные и существительные со значением «подобный», «имеющий качество» или «происходящий от». Таким образом, основа фамилии — Мкалдоп.

Вероятнее всего, Мкалдоп — это искажённая при русской записи тюркская конструкция из двух частей. Первая часть — Мкал, что может быть вариантом имени Мукал (от арабского «мукал» — «сопротивляющийся», «крепкий») или географического названия (например, урочища). Вторая часть — доп (от тюркского «топ» — «шар», «круг», «сбор», «куча»). Вместе Мкалдоп могло означать «собранный/сформированный вокруг Мукала» или «круглый, как шар Мукала» — прозвище, данное человеку по осанке, фигуре или по его роли в общине.

Другая, менее правдоподобная версия: Мкалдоп — это сложное слово, где М — сокращение от «мен» (я) в диалектах, а калдоп — искажённое «калдык» (остаток, наследник). Тогда фамилия могла означать «я остался» или «я — наследник», что типично для прозвищ, даваемых младшим сыновьям.

Суффикс -кенов (а не -ов) указывает на регион Средней Азии или Казахстана. Фамилия могла возникнуть у казахов, киргизов или каракалпаков в XIX — начале XX века, когда русские писаря фиксировали имена и прозвища на слух, нередко путая звуки и меняя порядок букв. Встречаются однокоренные варианты: Мкалдопов (без суффикса -кен), Мукалдопов (с восстановленной гласной), Калдопкенов (без первой части).

Социальный контекст: носители фамилии, скорее всего, были скотоводами или земледельцами из родовой общины, где прозвище закреплялось за семьёй. В советское время фамилия могла быть русифицирована, но сохранила редкую основу, которая сегодня делает её почти уникальной.