Фамилия Млатковская — вариант женского рода от Млатковский, и её разбор стоит начать не с корня, а с суффикса. Окончание -ская указывает на типично польскую или западнорусскую (шляхетскую) модель образования. Такие фамилии чаще всего давались по названию имения, местечка или усадьбы. То есть Млатковский — это человек родом из Млаткова или Млатковиц. В польской ономастике суффикс -ский (-ski) был признаком дворянского происхождения, хотя со временем его переняли и крестьяне.

Корень «млатк-» в славянских языках прозрачен: это уменьшительная форма от «млат» — молот. В древнерусском и польском «млат» означал кузнечный молот, а «млаток» — молоток. Следовательно, топоним Млатково мог возникнуть от прозвища или профессии первопоселенца: Млаток — либо кузнец, либо человек с тяжёлой рукой, либо просто носитель характерного инструмента. В белорусских и украинских говорах «млаток» встречается и как название небольшого молота для отбивки кос.

Есть и вторая, менее вероятная версия: связь с чешским или словацким словом mlat — «ток» (место для молотьбы). В таком случае Млатковский — владелец или житель при гумне. Но эта гипотеза слабее, так как польская фамильная модель с -ский обычно привязана к конкретным географическим названиям, а не к нарицательным существительным в чистом виде.

На практике фамилия Млатковская редка. Она встречается в основном на территории Западной Украины, Беларуси и в восточной Польше, что подтверждает её происхождение от местного топонима. В России её носители — скорее потомки переселенцев из этих регионов. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые массово давали крестьянам, Млатковская несёт отпечаток шляхетской или мещанской среды, где ценилась привязка к родовому гнезду.