Фамилия Млончина — редкий случай, когда польское происхождение почти не вызывает споров. Основа здесь — польское прилагательное «młonczy» или «młączy», означающее «молодой», «юный», а суффикс -ина указывает на принадлежность: буквально «сын молодого». В русском языке этот суффикс чаще встречается у фамилий, образованных от женских имен или прозвищ (например, Марьин, Грушин), но в польской традиции -ина могла присоединяться и к мужским основам, особенно в южных и восточных регионах Речи Посполитой.

Географически фамилия Млончина тяготеет к западу — её фиксировали в бывших польских воеводствах (Люблинское, Подляское) и среди переселенцев на Украину, в Волынскую губернию. В России она практически не встречается до XX века, что подтверждает её локальный, «шляхетский» или крестьянский характер в пределах польско-литовского культурного ареала.

Словообразовательная модель проста: корень «млонч-» (от «młody» с чередованием д/нч, характерным для польской фонетики) плюс суффикс -ин-. Но есть нюанс: в польском языке фамилии на -ина обычно писались через «а» (Młonczyna), а русская передача с «а» на конце — результат адаптации окончания под женский род (как у фамилий типа Дружинина). В дореволюционных метриках можно встретить вариант «Млончина» с ударением на первый слог, что тоже указывает на польский прототип.

Версия о связи с «молчать» или «молния» — народная этимология, лингвистически несостоятельная: в польском «молния» — piorun, а «молчать» — milczeć, и ни один из корней не даёт формы «млонч-». Поэтому единственная убедительная гипотеза остаётся «сын молодого» — прозвище, которое мог получить младший сын в семье или человек, выглядевший моложе своих лет.