Фамилия Мнини — редкий случай, когда корень слова почти полностью совпадает с глаголом, от которого фамилия, скорее всего, произошла. В основе лежит древнерусское «мнить» — думать, полагать, считать, иметь мнение. В старину «мнительный» означало не болезненную подозрительность, а склонность к размышлениям, сомнениям, осторожность в суждениях. Прозвище Мня, Мнило или Мнитель могли дать человеку вдумчивому, неспешному в решениях или, наоборот, тому, кто часто менял своё «мнение».

Фамилия образована по продуктивной модели с суффиксом -ин, который в русском языке указывает на принадлежность: «чей?» — Мнинин, со временем стянулось в Мнини. Обычно такие фамилии возникали от прозвищ или мирских имён, оканчивающихся на -а/-я: Мня, Мниша. Суффикс -ин закрепился за основами на мягкий согласный, что подтверждает древность словоформы.

В официальных документах фамилия почти не встречается, что говорит о её локальном бытовании. Возможно, она возникла в северных или центральных губерниях России, где диалектное «мнить» было особенно употребительно. В некоторых говорах «мнить» имело дополнительный оттенок — «казаться», «мерещиться» (отсюда «мнится»), и прозвище могли дать человеку, склонному к фантазиям или видевшему знаки там, где другие их не замечали.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Мнев, Мневин, Мнилов — показывает, что все они происходят от одного гнезда, но Мнини стоит особняком из-за усечённой основы. Вероятно, это более архаичная форма, сохранившаяся в отдельной семье или местности. В отличие от фамилий на -ов, которые образуются от полных форм (Мнить → Мнитов), Мнини напрямую отсылает к прозвищу, а не к отчеству.

Известных носителей фамилии в истории не зафиксировано, что делает её особенно ценной для генеалогического поиска: каждый обладатель фамилии Мнини может с высокой вероятностью проследить родословную до конкретного человека, получившего прозвище за свой склад ума или особенность речи.