Фамилия Могнусская звучит настолько необычно, что сразу вызывает вопрос: это исконно русская фамилия или пришлая? Всё указывает на то, что перед нами редкий случай фамилии, образованной от названия населённого пункта с помощью суффикса -ск-, который в русской ономастике указывает на дворянское или географическое происхождение. Фамилии на -ский/-цкий традиционно носили выходцы из шляхты (польской, белорусской, украинской) или русские дворяне, получавшие фамилию по названию своего поместья.

Основа «Могнус» напрямую отсылает к латинскому слову magnus — «великий». В форме «Могнус» это могло быть прозвище или, что вероятнее, переосмысленная на русской почве фамилия Magnus. Такие фамилии встречались у остзейских немцев, шведов и поляков. Например, в Речи Посполитой была известна фамилия Могнус (Moghnus) — возможно, полонизированный вариант латинского имени. Если добавить к ней типичный для восточнославянской аристократии суффикс -ский, то получится «Могнусский», а женская форма, по правилам русского языка, — Могнусская.

Версия с топонимом тоже имеет право на существование. В исторических документах встречаются названия хуторов или усадеб вроде «Могнус» или «Могнусово» — скорее всего, в западных губерниях Российской империи (на территории современной Беларуси или Литвы). Переселенец из такого места получал фамилию по названию родного имения. Таким образом, предок носителя фамилии Могнусская — либо обедневший шляхтич, либо выходец из немецкой или шведской семьи, осевшей на русских землях и получившей дворянство.

Словообразовательная модель здесь простая, но показательная: корень «могнус» (от лат. magnus — великий) + суффикс принадлежности -ск- + окончание -ая (женский род). Мужской вариант фамилии — Могнусский. Это одна из тех фамилий, которые не имеют отношения к ремёслам или прозвищам по внешности, а несут в себе память о статусе или месте. Из-за редкости фамилии трудно найти известных носителей в истории, но сама её структура ясно говорит: её обладатели когда-то принадлежали к образованным или землевладельческим слоям общества.