Фамилия Мохотчунова — редкий случай, когда разбор начинается не с корня, а с суффикса. Окончание «-ова» указывает на женскую форму, но мужской вариант — Мохотчунов. А вот суффикс «-ун» в основе — характерная деталь для русских прозвищ, образованных от глаголов: он часто придавал слову оттенок деятеля, склонного к какому-то действию или обладающего ярким качеством (ср. «говорун», «крикун», «бегун»). В фамилиях этот суффикс мог закрепиться за предком, которого так прозвали за особенность поведения или внешности.

Корень «мохот-» — самый интересный и неочевидный. Прямого слова «мохот» в современном русском языке нет. Скорее всего, это диалектное или искажённое произношение. Вероятнее всего, основа восходит к слову «мох» — либо напрямую (человек, живший у болота, на мшистой земле, или занимавшийся сбором мха), либо через прозвище «Мохнатый» или «Мохотка» (уменьшительное от «мох»). В северных и сибирских говорах слово «мохот» могло означать что-то пушистое, лохматое или неопрятное. Менее вероятная, но возможная версия — связь с глаголом «мохотить» (рябить, пестрить, делать негладким), но это уже редкая диалектная лексика.

Географически фамилия Мохотчунова — явно не столичная. Она встречается в основном в Сибири и на Урале, особенно в Якутии и Иркутской области. Это наводит на мысль о происхождении из среды старообрядцев или переселенцев, которые осваивали эти земли в XVII–XIX веках. Возможно, предок получил прозвище Мохотчун («тот, кто похож на мох» или «живущий во мху») в суровой таёжной местности, где мох — привычная примета пейзажа.

Модель образования «прозвище на -ун + фамильный суффикс -ов» — типичная для русских фамилий из крестьянской или казачьей среды. Такие фамилии редко встречаются у дворянства, зато часто фиксировались у простых людей, чьи прозвища были живыми и образными. В словарях Б. Унбегауна и В. Никонова подобные примеры (типа «Говорунов», «Хвастунов») разбираются как указание на характерное действие или свойство человека.

Таким образом, Мохотчунова — фамилия, которая говорит о природном, бытовом прозвище. Предок мог быть либо жителем мшистых мест, либо человеком с неопрятной, «мохнатой» внешностью, либо просто обладателем диалектного имени-характеристики, которое со временем закрепилось за родом.