Фамилия Мохжерин — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. В ней нет привычного крестьянского суффикса -ов или дворянского -ский, что сразу наводит на мысль: перед нами не отчество от крестильного имени, а прозвище или профессиональное имя, превратившееся в фамилию через суффикс -ин.

Основа «Мохжер» — тёмное слово. Самая вероятная версия связывает его с диалектным глаголом «мохжерить» или «мохордить», который в рязанских, тамбовских и владимирских говорах означал «делать что-то медленно, копаться, возиться без толку», а также «хитрить, лукавить». Человек, получивший прозвище Мохжер, мог слыть либо нерасторопным, либо, наоборот, изворотливым — в зависимости от контекста. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Мохжерин, то есть сын или потомок Мохжера.

Менее убедительна версия о связи с тюркскими корнями (например, «мухжир» — бедняк, нуждающийся), но для неё нет убедительных археографических подтверждений в русских землях. Скорее всего, Мохжерин — чисто восточнославянское прозвищное образование, бытовавшее в среде крестьян или посадских людей. Географически фамилия встречается единично, в основном в центральных областях России, что совпадает с ареалом диалекта «мохжерить».

Таким образом, предок носителя фамилии Мохжерин, вероятно, был человеком с характером — либо медлительным, либо хитрым, за что и получил своё прозвище, которое затем закрепилось за его родом.