Фамилия Мокочунина — женская форма от Мокочунин, и её разбор стоит начать с суффикса. В русских фамилиях суффикс -ин типичен для образований от основ на -а, -я: он указывает на принадлежность («чей?»). Значит, в основе лежит прозвище или имя Мокочуня. Это некалендарное, то есть нецерковное, имя, которое в старину давали по внешним или поведенческим чертам.

Корень слова — «мок-», связанный с водой, сыростью, мокротой. В диалектах «мокочун» или «мокочуня» могло означать человека, который постоянно мокнет, возится в воде, либо того, кто ходит промокшим, неопрятным. Сравните с однокоренными фамилиями: Мокеев (от канонического имени Мокий, но с тем же корнем), Мокроусов (явный признак внешности), Мокшанов (от названия реки или мордовского племени). Мокочунин стоит в одном ряду, но с характерным уменьшительно-пренебрежительным суффиксом -ун(я), который придаёт прозвищу бытовой, просторечный оттенок.

География фамилии неширокая. По данным открытых источников и архивных записей, Мокочунины встречаются преимущественно в северных и центральных регионах России — в Вологодской, Архангельской, Костромской областях. Это зона традиционного бытования некалендарных имён, где прозвища закреплялись в семьях ещё до введения обязательных фамилий в XVIII–XIX веках. Предки носителей фамилии, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми, а прозвище Мокочуня могло закрепиться за рыбаком, лодочником, болотным жителем или просто неаккуратным человеком.

Спорных версий тут немного. Иногда пытаются связать корень с тюркскими языками, где «мок» означает «племя» или «род», но это натяжка: суффикс -ун(я) — славянский, и вся модель образования указывает на русскую почву. Мокочунин — редкая, но прозрачная по происхождению фамилия, которая прямо говорит о бытовом прозвище, данном предку.