Фамилия Мокуса — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. В ней нет привычного русского суффикса -ов, -ин или -ский, поэтому её носители, скорее всего, не из великорусских крестьянских или дворянских родов, а из среды, где фамилии складывались по другим моделям.

Самый вероятный путь — польское или западноукраинское происхождение. В польском языке слово `mokusa` или `mokosza` — диалектное название русалки или нечистой силы, связанной с водой и болотом. Корень тот же, что у древнеславянского женского божества Макоши, покровительницы прядения и судьбы, но в народной традиции образ снизился до мелкого водяного духа. Фамилия могла быть прозвищем: так называли неопрятного, вечно мокрого человека или того, кто жил у болота. В польских и украинских говорах слово могло звучать как «мокуса» или «мокош».

Вторая версия, менее популярная, но возможная: фамилия могла возникнуть из личного имени. В некоторых славянских регионах «Мокус» или «Мокуса» — уменьшительная форма от церковного имени Мокий (греч. «насмешник»). Такая модель (усечение основы + суффикс -ус) характерна для польской и белорусской антропонимии XVI–XVII веков.

География фамилии сегодня размыта: единичные носители встречаются в Польше, Беларуси и на западе России. В русских переписных книгах XVII века фамилия не зафиксирована — это косвенно подтверждает её позднее появление на восточнославянских землях, возможно, вместе с переселенцами из Речи Посполитой.

Из-за редкого окончания фамилия не склоняется по правилам русской грамматики: «у Мокуса», «к Мокуса», «с Мокуса». Если предки были православными или католиками западнорусских земель, они могли быть мещанами или однодворцами, но точных сословных данных по этой фамилии нет.