Фамилия Мокусей — редкий случай, когда в основе лежит не имя и не профессия, а, скорее всего, прозвище, образованное от глагола «мокать» или «мокнуть». Если отбросить суффикс -ей (который в русских фамилиях встречается нечасто и обычно указывает на украинское или белорусское происхождение), остаётся корень «мок-». В славянских говорах «мокусей» могли назвать человека, который постоянно мокнет под дождём, возится с водой или, в переносном смысле, — плаксу, «мокрую курицу». В некоторых диалектах «мокус» означало «сырое, болотистое место», так что прозвище могло закрепиться за жителем низины или топкого берега.

Суффикс -ей в фамилиях чаще всего свойственен украинской модели (сравните: Коваль — Ковалей, Швець — Швецей). Это даёт основание предполагать, что предок носителя фамилии Мокусей жил на территории современной Украины или в южнорусских землях, где смешивались русские и украинские говоры. Сама по себе фамилия очень редкая: в дореволюционных справочниках и переписях она почти не встречается, что говорит о её локальном бытовании — возможно, в одной-двух деревнях Черниговщины или Полтавщины.

Версия о том, что Мокусей — это искажённое библейское имя (например, Моисей), маловероятна. Фонетически «Мокусей» далеко от «Моисея», а русские фамилии от канонических имён обычно образуются через уменьшительные формы (Мосей, Мосеев). Здесь же корень прозрачно указывает на бытовую характеристику, а не на святцы.

Социальный статус первых носителей, скорее всего, был крестьянским: прозвища, данные по физическим или бытовым особенностям, редко давали дворянам или духовенству. Фамилия закрепилась в той среде, где человека называли не по отцу, а по его привычке или месту жительства. Сегодня Мокусей — фамилия-уникум, которая не размножилась в крупные роды, а сохранилась как память о конкретном прозвище, данном, возможно, ещё в XVII–XVIII веках.