Фамилия Молдагереева — женская форма фамилии Молдагереев. Её основа — составное имя или прозвище, которое в тюркских языках (прежде всего в казахском, ногайском, каракалпакском) складывается из двух корней: «молда» и «герей». «Молда» (от арабского «мулла») означает грамотного, учёного человека, знатока Корана, религиозного наставника. «Герей» — это титул или имя, восходящее к династии крымских ханов Гиреев, а в широком смысле — «господин», «владыка». Таким образом, Молдагерей — это «учёный господин» или «мулла из рода Гиреев», что указывало на высокий социальный статус носителя.

Суффикс «-ев» в фамилии Молдагереев (и его женской форме Молдагереева) — это русский патронимический формант, который присоединялся к тюркским именам при оформлении фамилий в Российской империи. Такая модель типична для народов Северного Кавказа, Поволжья и Казахстана, где в XIX–XX веках шёл процесс русификации фамилий. Если бы фамилия сохранилась в исконной тюркской форме, она звучала бы как Молдагерейулы (сын Молдагерея) или Молдагерейкызы (дочь Молдагерея).

Скорее всего, предки носительницы фамилии принадлежали к духовному сословию или к знатным родам, связанным с исламским образованием. Встречаемость фамилии Молдагереева в основном привязана к регионам с тюркоязычным мусульманским населением: Казахстан, Каракалпакстан, Оренбургская и Астраханская области России. В отличие от многих фамилий, образованных от распространённых имён вроде Ахмет или Иван, здесь сохранился редкий компонент «герей», который сразу сужает круг возможного происхождения до среды, где помнили о крымско-татарской династии или использовали этот титул как почётное добавление к имени.