Фамилия Молдаханов — одна из тех, что наглядно демонстрирует, как тюркские имена и прозвища адаптировались в русской фамильной системе. Её основа — мужское имя Молдахан, которое состоит из двух частей: «молда» и «хан». Первая часть восходит к арабскому слову «мавла» (господин, владыка), которое в тюркской среде через форму «молда» закрепилось как обозначение грамотного человека, знатока Корана, духовного лица — примерно соответствует русскому понятию «мулла». Вторая часть, «хан», — древний тюркский титул правителя, повелителя. В составе личных имён он часто служил не столько указанием на реальную власть, сколько пожеланием величия или уважительным компонентом.

Таким образом, имя Молдахан можно перевести как «господин-правитель» или «мудрый владыка», но в бытовом значении оно скорее указывало на человека, происходящего из семьи уважаемого духовного наставника, или на того, кто сам получил религиозное образование. Фамилия образована по стандартной русской модели: к основе Молдахан добавлен патронимический суффикс -ов, который в русском языке означает «сын» или «принадлежащий». То есть Молдаханов — буквально «сын Молдахана».

С точки зрения географии, фамилия наиболее характерна для народов, исповедующих ислам, в первую очередь для казахов, татар, башкир, а также для некоторых тюркских групп Кавказа. В русском контексте она появилась в результате межэтнических контактов и крещений, когда тюркское имя фиксировали в документах с русским окончанием. В отличие, скажем, от фамилии Молдашев, где суффикс -ев указывает на ту же модель, но в Молдаханове компонент «хан» делает основу более статусной: такие имена чаще давали в семьях, где ценили родословную или религиозный авторитет.

Стоит отметить, что в некоторых случаях фамилию могли записать и как Молдаханов, и как Мулдаханов — это связано с диалектным произношением, где гласный «о» переходит в «у». Но основной вариант, Молдаханов, более частотен и закрепился в официальных документах. Фамилия не относится к числу древних дворянских, её носители в основном происходили из сословий крестьян, казаков или служилых людей тюркского происхождения, которые в XIX–XX веках получали фамилии по отцу.