Фамилия Молодковец — редкий случай, когда прозвище застыло в форме, указывающей на происхождение из конкретного места. Перед нами не отчество от имени, а название жителя по населённому пункту. Основа — топоним Молодково или Молодков. Такие названия есть в России: например, деревня Молодково в Тверской области или Молодков в Беларуси. Суффикс -ец в русских фамилиях традиционно обозначал выходца откуда-либо: вологжанец, тверец, псковец. Молодковец — «человек из Молодкова».

Само название поселения, скорее всего, пошло от прозвища или нецерковного имени Молодок. В древнерусском языке «молодой» значило не только «юный», но и «младший» в семье, «неопытный» или даже «слуга», «младший дружинник». Молодком могли назвать младшего сына, подмастерья или молодого княжеского дружинника. Фамилии на -ец обычно носили крестьяне и мещане, реже — дворяне. Молодковец — типичная фамилия-прозвище по месту жительства, которая не перешла в разряд дворянских и осталась в простонародной среде.

Интересно, что фамилия могла возникнуть и независимо в разных регионах. Если в одном говоре Молодково — это деревня, то в другом — урочище или даже речка. Варианты написания в старых документах разнились: Молотковец, Молодковцов. В XIX веке фамилия встречается преимущественно на западе Российской империи, в Могилёвской и Витебской губерниях, что подтверждает её белорусские корни. В центральной России фамилия редка, почти не зафиксирована в переписях дворянства.

Форма на -ец не даёт фамилии склоняться по женскому роду: Молодковец — и для мужчины, и для женщины. Это грамматически неудобный, но исторически точный вариант, который сохранил старую словообразовательную модель. В XX веке, при паспортизации, часть носителей могла сменить фамилию на более привычную Молодков или Молодцов, но исходная форма уцелела.

Коротко: Молодковец — это «выходец из деревни Молодково», а сама деревня получила имя по человеку по прозвищу Молодок. Фамилия крестьянская, западнорусская или белорусская, редкая и хорошо сохранившая архаичный суффикс.