Фамилия Молоковские принадлежит к древнему пласту славянских родовых именований, которые образовывались от названия местности, откуда родом был предок. В основе фамилии лежит прозвище Молоковский, которое, в свою очередь, восходит к топониму Молоково. Такой подход к именованию был широко распространен: человеку, переселившемуся в новый край, давали прозвище по месту его прежнего жительства, чтобы сразу было понятно, откуда он пришел. Потомки такого человека со временем закрепляли за собой это прозвище как фамилию.

Наиболее известное село с таким названием — поселок городского типа Молоково, административный центр Молоковского района Тверской области. Впервые оно упоминается в документах 1568 года. История этого села насыщена событиями: в начале XVII века его разорили польские интервенты, а до 1714 года оно оставалось вотчиной Троице-Сергиева монастыря, после чего перешло к Александро-Невскому монастырю. Во второй половине XVIII века Молоково превратилось в крупное торговое село, где регулярно проводились ярмарки, что делало его заметным центром округи.

Однако Молоково — не единственный населенный пункт с таким корнем. На территории России существует также поселок Молоковка, и вполне вероятно, что селения с подобными названиями существовали и в других регионах, включая Украину. Сами топонимы, как правило, связывают со словом «молоко». Скорее всего, эти места славились молочным животноводством и большими удоями, что и отразилось в их названии. Менее вероятно, но не исключено, что название могло быть связано с прозвищем первопоселенца, занимавшегося продажей молока.

Таким образом, основатель рода Молоковских, вероятно, родился или долгое время жил в одном из таких мест, а его потомки унаследовали прозвание по этой земле. Фамилия закрепилась в форме притяжательного прилагательного с суффиксом -ск-, который в славянской традиции указывал на принадлежность к географическому объекту. Точное время и место возникновения фамилии сейчас определить сложно, поскольку процесс формирования родовых имен длился веками. Тем не менее, фамилия Молоковские сохранила память о тех местах, где предки носителей этой фамилии жили и трудились.