Фамилия Молойченко по своей словообразовательной модели — типичный пример украинской или южнорусской фамилии, указывающей на прямое родство по отцу. Суффикс -енко в этих землях традиционно означал «сын», «потомок» или «ученик», поэтому Молойченко буквально понималось как «сын Молойчи» или «сын Молойка». Сама основа фамилии восходит к прозвищу Молойча (Молойко), которое, в свою очередь, образовано от прилагательного «молодой».

Обычно так нарекали удалого, храброго, бодрого молодого человека. В народной традиции прозвище Молодой закреплялось за ловким, статным и сметливым парнем, а в некоторых говорах — за сельским волокитой. Известно также, что в южных говорах слово «молодой» имело значение «нестарый холостяк», что могло указывать на семейное положение предка в момент получения прозвища.

Но не исключено, что прозвище указывало и на род деятельности. Молодым иногда называли прислужника, помощника, полового — то есть человека, который по возрасту или положению ещё не обзавёлся собственным хозяйством и работал на чужих людей. В этом случае фамилия сохранила память не о возрасте, а о социальной роли предка.

Интересно, что написание через «о» — Молойченко, а не Молойченко с ударением на второй слог — отражает диалектное произношение. В разговорной речи слово «молодой» часто редуцировалось, и безударная «о» звучала как «а» или вовсе выпадала, давая формы вроде «Молойча». Такая особенность встречается в южнорусских и украинских говорах, где фамилия и получила наибольшее распространение.

Позже прозвище Молойча (Молойко), изначально присоединённое к наследственному имени, полностью заменило его как в повседневной жизни, так и в официальных документах. Это типичная история для XVI–XVII веков, когда прозвища вытесняли календарные имена и закреплялись за родом уже как фамилия. Таким образом, Молойченко — не просто указание на возраст или характер конкретного человека, а целый пласт народной антропонимии, где через короткое прозвище просвечивает и социальный статус, и диалектные особенности речи предков.