Фамилия Молпекин — одна из тех, где корень на первый взгляд кажется иноязычным, но при ближайшем рассмотрении оказывается исконно русским, хотя и неочевидным. Первое, что бросается в глаза, — сочетание «-пекин», которое может навести на мысль о китайской столице или чужеземном происхождении. Однако это ложный след. Словообразовательная модель здесь типично русская: основа плюс суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?»). Основа же — Молпек-.

Наиболее вероятное объяснение кроется в диалектном или искажённом произношении. В русских говорах, особенно северных и сибирских, слово «молпека» или «малпека» могло означать «молоко» в детской или уменьшительной форме — что-то вроде «молочко». Сравните с диалектным «малека» (маленький) или «молпекать» (говорить невнятно, сюсюкать). Если так, то Молпекин — это потомок человека, которого в округе прозвали Молпекой, возможно, за любовь к молоку, за молочный цвет лица или за привычку говорить «молпека» вместо «молоко». Такие прозвища по пищевым пристрастиям или особенностям речи были распространены.

Менее популярная, но возможная версия — связь с глаголом «молотить» или «молоть». В некоторых говорах «молпек» могло быть переделкой слова «молоток» или «молотильщик» через промежуточную форму «молотпек». Однако эта гипотеза слабее, так как не имеет прямых диалектных подтверждений, и её можно отбросить.

Географически фамилия редкая, встречается в основном в центральных и северо-западных регионах России, что косвенно подтверждает диалектный корень. Суффикс -ин указывает, что предок был человеком незнатного происхождения — крестьянином или ремесленником, так как этот суффикс в русских фамилиях чаще всего образовывался от прозвищ и имён без вотчинной аристократической традиции. Таким образом, Молпекины — это потомки того самого «Молпеки», чьё прозвище закрепилось в документах и передалось детям.