Фамилия Морепупенко — один из тех случаев, когда прозвище, от которого она образована, вызывает больше вопросов, чем ответов. Если разбирать её буквально, то на поверхности лежит основа «море» и корень «пуп». Напрашивается шутливая версия про «пуп моря», но, скорее всего, смысл был другим и более приземлённым.

Словообразовательная модель здесь прозрачна: суффикс -енк(о) типичен для украинских фамилий и означает «маленький», «сын» или «потомок». То есть Морепупенко — это «сын Морепупа». А вот что такое «Морепуп»? Скорее всего, это не географический центр океана, а сложное прозвище, построенное по той же логике, что и Вернигора, Непейвода или Горицвет. Первая часть «море» могла означать «много», «очень» (как в слове «морепродукты» — много продуктов из моря). Вторая часть — «пуп» — в просторечии означала не только часть тела, но и нечто выдающееся, центральное, «пуп земли». Однако в контексте прозвища «пуп» чаще имел ироничный или бытовой оттенок — так могли называть человека с большим животом, либо того, кто «пупился» (упрямился, надувался).

Наиболее правдоподобная версия: прозвище Морепуп дали человеку, который много времени проводил у моря, возможно, рыбаку или моряку, и при этом обладал заметным брюшком. В украинской традиции сложные прозвища часто были шутливыми и описывали внешность или род занятий с долей насмешки. «Море» в таком случае — указание на промысел, а «пуп» — на характерную деталь внешности.

Фамилия редкая, её нет в массовых списках распространённых украинских фамилий, и она не фиксируется в классических словарях (Унбегауна, Никонова). Это говорит о том, что она могла возникнуть в одном конкретном роду или в узкой локальной группе, возможно, на юге Украины, в приморских регионах (Одесская, Николаевская, Херсонская области). Вариант написания «Морепупенко» устойчив, без чередования «о/а» в корне, что указывает на осознанное сохранение исходного прозвища.

Сословная принадлежность предков, скорее всего, была крестьянской или казацкой — сложные прозвища такого типа типичны для свободного населения, не привязанного к строгой дворянской номенклатуре. Никаких знаменитых носителей этой фамилии в истории не зафиксировано, что только подтверждает её уникальный, «штучный» характер.