Фамилия Моргнова — женская форма от Моргнов, и её разбор стоит начать с суффикса. Он нестандартный: не привычные -ов или -ин, а -ов, но с наращением -н-. Это указывает на то, что основа фамилии — не имя и не прозвище в чистом виде, а притяжательное прилагательное от слова «моргун» или «моргана». В русской ономастике такая модель встречается реже: фамилии вроде Моргунов, Моргачёв, Моргалин образованы напрямую от прозвищ, а Моргнов — скорее вариант, закрепившийся в конкретной местности.

Самая вероятная основа — прозвище Морган (или Моргун). В говорах «моргать» означало не только быстро смыкать веки, но и «мигать, подмигивать», «прищуриваться», а также «шалить, озорничать» (ср. «моргун» — озорник, шалун). Человек, получивший такое прозвище, мог отличаться живым, игривым нравом, либо иметь привычку часто моргать или щуриться. Реже, но возможно, что в основе лежит диалектное «морга» — «морщина, складка»; тогда прозвище давали по внешности — морщинистому лицу.

Географически фамилия Моргнов (и Моргнова) тяготеет к центральным и северным областям России — встречается в старых переписях Вологодской, Костромской, Нижегородской губерний. В этих краях суффикс -ов мог присоединяться к основам на -н без выпадения, что и дало форму «Моргнов» вместо более ожидаемого «Моргунов». Если сравнивать с однокоренными фамилиями: Моргунов — самая распространённая, Моргачёв — от «моргач» (тот, кто моргает), а Моргнов — локальный вариант, где прозвище Морган было переосмыслено как «сын Моргана», то есть «Морганов», но с упрощением «а» до нуля звука в безударной позиции (Морган → Моргнов).

Сословная принадлежность носителей фамилии не прослеживается однозначно: Моргновы могли быть и крестьянами, и мещанами, и духовенством. В документах XVIII–XIX веков эта фамилия нередко встречается среди государственных крестьян и однодворцев южных уездов, что подтверждает её народное, недворянское происхождение. Никакой связи с морганатическими браками или с немецким словом Morgen (утро) нет — это чисто русская фамилия, образованная от живого разговорного прозвища.