Фамилия Моргуаты — редкая и неочевидная для русского уха. Её основа и суффикс сразу выдают нерусское происхождение. В отличие от привычных Моргуновых или Моргачёвых, здесь нет славянского суффикса принадлежности (-ов, -ев, -ин). Окончание -аты характерно для фамилий Западного Закавказья, в первую очередь для абхазского и мегрельского языков. Это так называемые патронимические фамилии, которые указывают на род или предка: суффикс -а (или -иа) обозначает «принадлежащий к», «из рода».

Корень «Моргу» в этой модели, скорее всего, восходит к личному имени или прозвищу. В абхазском языке встречается имя Маргу (Марго), но форма «Моргу» может быть местным диалектным вариантом или искажением при записи в русских документах XIX–XX веков. Есть версия, что основа связана с древним абхазским словом, обозначающим «медведь» или «сильный», но она спорная и документально не подтверждена. Правдоподобнее, что перед нами фамилия, образованная от имени родоначальника, которое, в свою очередь, могло иметь греческое или тюркское происхождение (через посредство черкесских языков).

Географически фамилия Моргуаты привязана к Абхазии и прилегающим районам Краснодарского края. Встречается она крайне редко — носителей можно пересчитать по пальцам. По сословной принадлежности предки, скорее всего, были крестьянами-общинниками или свободными воинами, поскольку в абхазском обществе фамилии на -а ( -иа) носили разные слои, от князей до простых земледельцев, и суффикс сам по себе не указывает на знатность.

Особенность этой фамилии — её написание. В русской передаче абхазские фамилии часто теряли конечную гласную или меняли ударение. Форма «Моргуаты» — это скорее всего множественное число, передающее родовую общность (как «Моргуатовы» в русском, но без славянского суффикса). Если бы фамилия была записана точнее, она могла бы выглядеть как Моргуа или Моргуаа. Сегодняшний вариант — результат адаптации к русской паспортной системе, где окончание застыло в форме именительного падежа множественного числа, что для западнокавказских фамилий — обычная история.