Фамилия Моригун — редкий случай, где прозвище, лёгшее в основу, сохранилось почти без изменений. В ней отчётливо слышится глагол «морить» (губить, изводить, доводить до изнеможения) и суффикс -ун, который в русском языке образует названия лиц по действию: бегун, крикун, молчун. Моригун — тот, кто морит. Это типичное древнерусское прозвище, данное человеку по какой-то заметной черте поведения или профессии.

Вероятнее всего, Моригуном называли человека, чья работа была связана с обработкой чего-либо «на мор» — например, мастера, который морил древесину (выдерживал её в воде или пропитывал составом для прочности), или кожевника, использовавшего едкие растворы. В крестьянском быту так могли прозвать и того, кто постоянно выглядел измождённым или, наоборот, имел обыкновение изводить окружающих придирками. Вторая версия, менее распространённая, связывает основу с украинским или белорусским диалектным «морити» в значении «красить, окрашивать ткань» — тогда Моригун мог быть красильщиком.

Суффикс -ун в фамилиях встречается нечасто, чаще он оставался в прозвищной форме, а в официальную фамилию переходил уже с патронимическим суффиксом -ов (Моригунов). Фамилия Моригун — как раз тот случай, когда прозвище закрепилось в «чистом» виде, без дополнительных родовых окончаний. Такая модель характерна для южнорусских и украинских земель, где бессуффиксные фамилии на -ун, -ак, -ук особенно распространены. Географически фамилия Моригун встречается преимущественно в западных областях России, на Смоленщине, Брянщине, а также в Беларуси и на востоке Украины.

Интересно, что в некоторых говорах слово «моригун» могло быть ироничным прозвищем для худого, высокого человека — «морит» себя, не ест. Но основная линия всё же ведёт к ремеслу или устойчивой привычке. Фамилия редкая, и её носители, скорее всего, происходят из одного или нескольких локальных родов, расселившихся по западной границе русского мира.