Фамилия Мосюйда — редкая и неочевидная для русского уха. Её окончание -йда сразу выбивается из привычного ряда фамилий на -ов, -ин или -ский. Чтобы понять её происхождение, нужно отбросить стереотипы и посмотреть в сторону финно-угорских языков, а также северных регионов России.

Скорее всего, основа Мосю- восходит к личному имени или прозвищу. Один из наиболее вероятных вариантов — связь с коми-пермяцким или удмуртским словом «мос» (корова) или «мӧс» (корова, бык). В таком случае Мосюйда могла означать «коровья» или «относящийся к корове» — прозвище пастуха, владельца скота или человека, имевшего какую-то приметную черту, связанную с этим животным. Суффикс -йда характерен для фамилий, образованных в пермских языках, и часто указывает на принадлежность или свойство.

Вторая версия, менее вероятная, но имеющая право на существование, — связь с карельским или вепсским корнем. В этих языках есть слова, звучащие похоже, например, «mos» (туман, мгла). Тогда Мосюйда могло быть прозвищем человека с неясным, «туманным» характером или того, кто жил в сырой, туманной местности. Однако эта гипотеза слабее, так как в финно-угорской ономастике прозвища от названий животных встречаются гораздо чаще.

Фамилия почти наверняка сформировалась на севере европейской части России — в Республике Коми, Пермском крае, Кировской области или в Карелии. Носители Мосюйда — это потомки крестьян или охотников, живших в лесной зоне. Фамилия не получила широкого распространения и не попала в дворянские родословные книги, поэтому её носители — выходцы из простого народа, сохранившие в своей фамилии следы древнего языка и уклада жизни.