Фамилия Мотхонов встречается редко, и её разбор — задача со звёздочкой. В отличие от большинства русских фамилий на -ов, здесь не всё очевидно с основой, что и делает её особенно интересной для этимолога.

Словообразовательная модель стандартна для русских фамилий: суффикс -ов указывает на принадлежность («чей?»). Значит, в основе лежит личное имя или прозвище Мотхон. Вот тут и начинается главная загадка: что это за слово?

Самая вероятная версия отсылает к тюркским языкам. В них есть корень «мот» (или «мотх») со значением «крепкий», «сильный», «могучий». В таком случае Мотхон — это прозвище, данное человеку за физическую силу или твёрдый характер. Подобные прозвища были распространены в среде служилых людей и казачества, где ценилась удаль и выносливость. Географически фамилия могла возникнуть в регионах активных русско-тюркских контактов: на юге России, в Поволжье или в Сибири.

Вторая версия, менее правдоподобная, связывает основу с диалектным глаголом «мотыхать» — качать, шатать, делать небрежно. В этом случае Мотхон — прозвище неуклюжего или нерадивого человека. Однако такая версия встречается реже, так как в фамилиях чаще закреплялись положительные или нейтральные характеристики, а не откровенно осуждающие.

Третья, совсем гипотетическая, версия — искажённое календарное имя. Например, от имени Матфей в просторечии могло возникнуть «Мотхей» или «Мотха», от которого образовалась бы фамилия Мотхонов. Но для такого перехода нет убедительных лингвистических свидетельств.

Таким образом, фамилию Мотхонов с наибольшей вероятностью носили потомки человека, которого в XV–XVII веках прозвали Мотхон — за силу и стать. Это фамилия, которая хранит память о древних контактах славянских и тюркских народов, и её редкость говорит о том, что род был немногочисленным или жил достаточно обособленно.