Фамилия Мотожанец — редкая и структурно прозрачная, но её корень требует разбора. Основа — «Мотожан» — скорее всего, представляет собой адаптированное на русской почве польское или западноукраинское имя или прозвище. Суффикс -ец указывает на происхождение от географического названия или на принадлежность к определённой местности: «мотожанец» буквально значит «житель Мотожана» или «выходец из Мотожана». Само слово «Мотожан» могло возникнуть от польского motożyć — «мотать, наматывать» (в переносном смысле — «хитрить, путать»), либо от диалектного «мото́жа» — «моток ниток, пряжи». В таком случае прозвище Мотожан получал либо ремесленник, работающий с пряжей (ткач, веретёнщик), либо человек с запутанным, неспокойным характером.

Фамилия явно восточнославянская, но с выраженным польским следом. Суффикс -ец типичен для украинских и белорусских фамилий, образованных от названий сёл или ремёсел: ср. Запорожец, Кремене́ц. В польской ономастике модель на -aniec (Мотожанец) встречается реже, но возможна в районах бывшего Речи Посполитой. Скорее всего, фамилия закрепилась на западе современной Украины или в юго-восточной Польше, а затем вместе с миграциями попала в центральную Россию.

Версия о связи с тюркским «мото́» (араб. «смерть») или «мотож» (перс. «жемчужина») маловероятна — для фамилии с суффиксом -ец такая основа нехарактерна, и в славянской среде она не зафиксирована.

Сведений о сословном происхождении Мотожанцев нет. Фамилия не встречается в дворянских родословных книгах, что указывает на крестьянское или мещанское корни. В современной России носителей мало, фамилия не входит даже в первую тысячу по распространённости. Её уникальность — в сохранении польского суффиксального рисунка, который почти стёрся у более частых фамилий на -ов.