Фамилия Мотушкина — женская форма, а мужская, Мотушкин, образована по самой частотной русской модели: от основы на согласный звук с помощью суффикса -ин. Вопрос, от какого именно слова пошла эта основа. Здесь возможны два основных пути, и оба ведут к прозвищам, а не к крестильным именам.

Первая и наиболее прямая версия: от слова «мотушка». В диалектах так называли не только катушку для ниток, но и человека — суетливого, непоседливого, «мотущегося» туда-сюда. В этом случае прозвище Мотушка дали человеку с беспокойным характером, и фамилия Мотушкин означает «сын или потомок Мотушки». Эта версия хорошо ложится в ряд однокоренных фамилий вроде Мотунов, Мотылёв, которые тоже описывают поведение.

Вторая версия отсылает к глаголу «мотать» в значении «наматывать, сматывать», но уже применительно к ремеслу. «Мотушкой» могли назвать того, кто занимался перемоткой пряжи, работал на ткацком производстве или в торговле нитками. Такое прозвище давали по занятию, и оно не обязательно несло отрицательный оттенок. Оба значения — и поведенческое, и профессиональное — могли сосуществовать в разных говорах.

Суффикс -ин чётко указывает, что фамилия закрепилась в центральных и северных русских землях, где эта модель была основной. В южнорусских и украинских регионах скорее встретился бы вариант Мотушенко или Мотушкевич. Географически фамилия редкая, в современных справочниках массово не встречается, что говорит о локальном происхождении — возможно, от прозвища в конкретной деревне или волости.

Менее убедительна версия, связывающая фамилию с тюркским словом «мот» (крепкий, сильный) или с именем Мотя (от Матвей, Дмитрий). Мотя — уменьшительная форма, но от неё закономерно пошла бы фамилия Мотин, а не Мотушкин. Появление суффикса -ушк- как раз типично для прозвищной модели, где основа теряет связь с полным именем и живёт самостоятельной жизнью. Так что предок современных Мотушкиных, скорее всего, был либо человеком подвижным и суетливым, либо мастером по работе с нитью.