Фамилия Мотюшенко — характерный пример восточнославянской фамилии, образованной по украинской модели с уменьшительным суффиксом. Её основа — имя или прозвище Мотюша, которое, в свою очередь, является производной формой от канонического имени Матвей (в просторечии Матюша) или, реже, от имени Матфей. Фонетический переход «а» в «о» под ударением («Мотюша» вместо «Матюша») — типичное явление для украинских и южнорусских говоров, где после мягких согласных «а» звучит как «я» или даже «ё». Таким образом, Мотюша — это ласкательно-бытовой вариант имени Матвей, а суффикс -енко (в украинском языке означающий «сын», «потомок» или «маленький») добавляет фамилии патронимический оттенок: «сын Мотюши», то есть потомок человека по имени Мотюша.

Модель фамилий на -енко — одна из самых массовых в Украине и на юге России (особенно в бывших слобожанских землях). Она указывает на то, что предок носителя фамилии был, скорее всего, выходцем из украинского или смешанного украинско-русского региона. В отличие от великорусских фамилий на -ов/-ев, которые часто фиксировали принадлежность к отцу в документах XVII–XVIII веков, фамилии на -енко закрепились в основном среди казачества и крестьянства Левобережной Украины. Поэтому Мотюшенко — фамилия недворянская, демократическая, типичная для сельской среды.

Интересная деталь: в русском языке имя Матвей дало фамилии Матюшин, Матюшенков, Матюшечкин. Украинский вариант Мотюшенко — это не просто искажение, а самостоятельная словообразовательная ветвь, закрепившаяся в письменности. Встречаются и параллельные формы: Мотюшко (с суффиксом -ко), Мотюшевский. Если сравнивать с однокоренными, то Мотюшенко стоит в том же ряду, что и Иваненко, Петренко, но с той разницей, что основа здесь не полное имя, а его уменьшительная форма — это говорит о том, что прозвище закрепилось за человеком в быту, а не в официальной церковной записи.

Географически фамилия чаще всего встречается в Черниговской, Сумской, Полтавской областях Украины, а также в приграничных районах России (Брянская, Курская области). В современной России носители Мотюшенко рассеяны, но сохраняют южную привязку. Спорных версий о происхождении фамилии немного: иногда её пытаются связать с глаголом «мотать» (в смысле «мотаться», «суетиться»), но это фонетически натянуто — основа «мот-» в украинских фамилиях почти всегда восходит к имени, а не к действию. Правдоподобнее всего именно версия от Матвея.