Фамилия Мщсунова — редкий случай, когда написание говорит о происхождении больше, чем звучание. В ней нет привычного суффикса -ов или -ин, который обычно присоединяется к полным именам (Иванов, Петров). Вместо этого мы видим суффикс -ун, типичный для прозвищ, образованных от глаголов. Основа «мщ-» — это древнерусский корень, родственный слову «мстить» (в старой орфографии «мьщати»). Таким образом, Мщсун — человек, склонный к мщению, мстительный, либо тот, кому приписывали такое качество как прозвище.

Суффикс -ун в русских фамилиях встречается нечасто, но он выразителен: он даёт прозвищам оттенок деятеля, склонного к действию (ср. «ворчун», «говорун», «крикун»). В фамилиях он закрепился в формах на -унов (Ворчунов, Говорунов). Вариант Мщсунов — без второго «о» в суффиксе — указывает на то, что прозвище Мщсун (или Мщсунь) бытовало в северных и центральных говорах, где ударный суффикс -ун при образовании фамилии часто сохранялся без наращения.

Сам корень «мщ-» в старой орфографии писался через «щ» и «ь» (мьщати), что в современном русском языке даёт чередование «мщ-» / «мст-». Фамилии с этим корнем (Мстиславов, Мщенников) крайне малочисленны. Мщсунова стоит в одном ряду с такими редкими «глагольными» фамилиями, как Брыкунов или Толкунов, но её основа несёт более резкую, «карательную» окраску. Вряд ли предок был профессиональным мстителем — скорее, так могли прозвать человека злопамятного, упрямого или того, кто в споре «отплачивал» обидчику словом или делом.

География фамилии не фиксируется в крупных справочниках, что говорит о её локальном бытовании, возможно, в одной-двух губерниях. Встречающиеся сегодня носители, вероятно, происходят из крестьянской или мещанской среды, где прозвища такого типа были особенно живучи. Окончание -а указывает на женскую форму, то есть исходная мужская фамилия — Мщсунов.