Фамилия Мшнин — одна из тех, где корень почти стёрт, а суффикс подсказывает, как её понимать. На слух она кажется странной, но механизм образования простой: это типичная «-ин» фамилия, которую давали по имени или прозвищу отца. Суффикс -ин в русском языке крепится к основам на -а/-я: если предка звали Мшня, то его сын становился Мшниным. Вопрос в том, что такое «Мшня».

Самое вероятное объяснение — прозвище от слова «мша» или «мшина». В диалектах (особенно северных и псковских) «мша» — это мох, болотистое место, поросшее мхом. Отсюда же «мшаник» (моховое болото) и «мшистый». Человек мог получить прозвище Мшня, если жил на сырой, мшистой земле или промышлял сбором мха (мох использовали для конопачения изб). В ономастике есть параллели: фамилия Мшанин встречается в тех же говорах, и её связывают с тем же корнем. Мшнин — более редкий вариант, возможно, с усечением или акающим произношением.

Есть и другая, менее убедительная версия: от имени Мшня как производного от Михаил (народные формы Михня, Мишня). Но переход «Мишня» в «Мшня» через выпадение гласного маловероятен для русской антропонимии — обычно такие сокращения дают Мишин, а не Мшнин. Так что «болотная» гипотеза выглядит крепче.

Географически фамилия тяготеет к Северо-Западу: встречается в Псковской, Новгородской и Тверской областях. Это согласуется с диалектной зоной, где «мша» — живое слово. В документах XVII–XVIII веков могли писать Мшнины или Мшанины, путая гласную из-за аканья.

Социально — скорее всего, крестьянская или посадская фамилия. Дворянских родов с такой фамилией нет, в родословных книгах она не упоминается. Носитель фамилии Мшнин, вероятно, потомок человека, которого окрестили по месту жительства — «живущий у мшины», то есть у мохового болота.