Фамилия Мсковко — редкий случай, когда географическое название не получило типичного суффикса -ский или -цкий, а превратилось в прозвище с украинским или белорусским уменьшительным окончанием. Основа здесь очевидна: «Мсков» — это старая народная форма названия города Москва. В разговорной речи восточных славян слово «Москва» нередко редуцировалось до «Мсква», а выходца из Москвы могли называть «мсковец» или просто «мсков». Фамилия Мсковко, скорее всего, образована от прозвища Мсков, к которому добавили типичный для украинских и южнорусских фамилий суффикс -ко. Такой суффикс указывал на принадлежность или родство: Мсковко — буквально «сын Мскова» или «потомок того, кого звали Мсков».

Вероятнее всего, предок носителя этой фамилии был переселенцем из Москвы или Московского княжества на территорию современной Украины или Беларуси. В XVI–XVII веках, когда шло активное заселение Слобожанщины и Левобережья, москвичей, перебравшихся на юго-запад, местные жители выделяли по происхождению. Прозвище Мсков могло закрепиться за человеком, который пришёл «из Мсквы», и со временем трансформировалось в фамилию Мсковко.

Словообразовательная модель необычна: вместо привычного «Московский» (указывающего на дворянское или служилое происхождение) мы видим демократичный, простонародный вариант. Фамилия не получила распространения в великорусских губерниях — её ареал, судя по сохранившимся записям, сосредоточен в Черниговской, Полтавской и Харьковской областях. Встречается также вариант написания Мсковко, где первая буква «М» иногда путается с «Мо» из-за диалектного произношения.

С точки зрения ономастики, это яркий пример «географической» фамилии, которая прошла через живую речь, минуя книжную форму. Никакого отношения к слову «моск» (устаревшее название мозга или жира) эта фамилия не имеет — народная этимология здесь ошибочна. Фамилия Мсковко остаётся малочисленной, что делает её особенно ценной для семейной истории: каждый её носитель — потомок человека, который в своё время ушёл из Москвы на юг и оставил о себе память в непривычном, но точном прозвище.