Фамилия Мсников — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Первое, что бросается в глаза: суффикс -ов указывает на типичную русскую патронимическую модель («чей?» — сын Мсника). Но основа «Мсник» в современном языке отсутствует. Здесь возможны два пути объяснения, и оба ведут в историческую фонетику.

Самая вероятная версия — фамилия образована от прозвища или имени Мстник. В древнерусском языке сочетание «ст» перед некоторыми гласными могло упрощаться до «с» (явление, известное как диссимиляция или стяжение). «Мстник» — человек, связанный с местью, мститель. В эпоху, когда фамилии только закреплялись (XV–XVII века), такое прозвище мог получить либо суровый человек, либо тот, кто участвовал в кровной распре или судебном преследовании. В документах того же времени встречаются прозвища Мстислав, Мстиша, а форма «Мсник» — их разговорный, редуцированный вариант.

Вторая версия, менее распространённая, но имеющая право на существование: связь с диалектным словом «мсник» — так в некоторых говорах называли растение мятлик или, реже, болотистую местность. Однако прозвища по растениям обычно образовывались иначе (Мятликов, Травников), и суффикс -ник в этом случае скорее дал бы фамилию Мсников, если бы «мсник» означало человека, живущего у мшистого болота (от «мх» — мох). Но тогда исходная форма была бы «Мшников», а утрата «ш» маловероятна.

Таким образом, основная гипотеза — фамилия Мсников восходит к прозвищу Мстник (Мсник) в значении «мститель». Со временем буква «т» выпала при произношении, и написание закрепилось в упрощённом виде. Это редкий случай, когда фамилия сохранила следы живых фонетических процессов, шедших в русских говорах. Носители этой фамилии, скорее всего, были выходцами из северных или центральных областей России, где подобные стяжения встречались чаще.