Фамилия Мсунова — женская форма фамилии Мсунов. В основе лежит прозвище или имя Мсун, которое в русском языке звучит необычно и явно нерусского происхождения. Скорее всего, корни этой фамилии нужно искать на Кавказе, в среде народов, говорящих на языках нахско-дагестанской группы — чеченцев, ингушей или народов Дагестана. В этих языках основа «мсун» или близкие к ней звучания могут быть связаны с личным именем, прозвищем или даже названием местности.

Модель образования фамилии стандартная для русской традиции: к основе Мсун- добавили суффикс принадлежности -ов-, а затем окончание -а для женского рода. Это типичный способ русификации нерусских фамилий: когда представитель кавказского народа получал паспорт или записывался в документы, его имя или прозвище оформляли по русскому образцу — с суффиксом -ов/-ев. Так Мсун превратился в Мсунов.

Что конкретно означало слово «мсун» в языке-источнике — вопрос открытый. В чеченском языке есть слово «мсун» (или близкое «мусун»), которое может переводиться как «глухой» (в прямом смысле, лишённый слуха) или «немой». Прозвище могли дать человеку с таким недостатком, либо оно могло быть переосмыслено как охранительное имя, чтобы отвести от ребёнка злые силы (дескать, он не такой, как все, и неинтересен духам). В ингушском языке встречается корень «мс» со значением «мед» или «сладкий», что тоже могло лечь в основу ласкательного прозвища.

Встречаемость фамилии в России невысокая. Чаще всего носители Мсуновых живут в регионах Северного Кавказа, особенно в Чеченской Республике и Ингушетии, реже — в Ставропольском крае и Ростовской области. Это подтверждает версию о кавказском происхождении: фамилия не рассеялась широко по стране, а осталась локальной. В дореволюционных метрических книгах и ревизских сказках эта фамилия почти не фиксируется, что говорит о её относительно позднем оформлении — вероятно, в конце XIX — начале XX века, когда началась массовая паспортизация горских народов.

Таким образом, фамилия Мсунова — это русифицированная форма кавказского прозвища или имени. Предки носителей фамилии, скорее всего, были чеченцами или ингушами, а само прозвище могло означать либо «глухой/немой», либо быть связанным с местным словом для «сладкого» или «мёда».