Фамилия Муаллифшоев — редкий случай в русском ономастиконе, так как её корни уходят не в славянскую, а в персидско-таджикскую языковую среду. Основа фамилии — слово «муаллиф» (араб. مؤلف — mu’allif), которое в таджикском и персидском языках означает «автор», «сочинитель», «писатель». Это не прозвище, а указание на род занятий или социальную роль предка.

Вторая часть — «шоев» — восходит к персидско-таджикскому «шо» (شاه — шах, царь, государь) с суффиксом принадлежности -ев. Однако здесь не стоит искать буквального «сына автора-шаха». Скорее всего, «шоев» — это русифицированная форма таджикской фамилии Шоев (от имени Шо или прозвища «шах»). Полная конструкция «Муаллифшоев» означает «потомок Муаллифшо» — составного имени, где первая часть указывает на занятие (муаллиф), а вторая — на почётный титул (шо). Такие двусоставные имена (типа Коришо, Домуллошо) типичны для Центральной Азии и часто становились основой фамилий.

Суффикс -ев в окончании — типичный русский патронимический формант, который добавили при оформлении фамилии в документах Российской империи или СССР. Таджикские и узбекские фамилии часто русифицировали именно так: отсекали исконный суффикс (например, -зода, -и) и добавляли -ов/-ев. В данном случае исходная форма могла звучать как Муаллифшозода («рождённый от Муаллифшо»).

Географически фамилия привязана к Таджикистану и, в меньшей степени, к Узбекистану. В России она встречается единично, в основном среди потомков мигрантов из этих регионов. Сословной принадлежности предка установить почти невозможно: в дореволюционной Средней Азии «муаллифами» могли называть и деревенских грамотеев, и учителей при медресе, и переписчиков книг — это не было знаком высокого статуса, а скорее выделяло человека на фоне неграмотного большинства.

Интересная деталь: в таджикском языке слово «муаллиф» — арабское заимствование, но в арабском оно означает ещё и «составитель», «компилятор». Поэтому предок мог быть не столько автором оригинальных текстов, сколько человеком, который сводил воедино разные источники, например, составлял сборники стихов или законов. Фамилия Муаллифшоев — редкий пример, когда профессия и титул слились в одном имени, а затем перешли в фамилию, сохранив память об образованном или уважаемом предке.