Фамилия Мудоруков — редкий пример, где прозвище строится на контрасте: «мудрый» и «рука». В её основе лежит прозвище Мудрая Рука или Мудрорукий. Так могли назвать человека, славившегося не столько физической силой, сколько умением делать всё ладно, толково и с умом. Это не про грубую работу, а про мастерство, где нужен расчёт, смекалка и верный глаз — например, у плотника, оружейника или мельника.

Суффикс -ов указывает на стандартную русскую патронимическую модель: Мудоруков — сын Мудорука. Прозвище «Мудорук» (без «а» на конце) было бы кратким, ёмким именованием, а «Мудрая Рука» — более описательным. Фамилия закрепилась в форме, где ударение, скорее всего, падает на последний слог: Мудоруко́в.

В отличие от фамилий, образованных от названий профессий (Кузнецов, Плотников), Мудоруков — качественная характеристика. Она не говорит о занятии, а описывает личное свойство: сообразительность и ловкость рук. В ономастике такие прозвища встречаются реже, чем профессиональные, и ценны именно тем, что отражают не должность, а уважение к умельцу.

По географии фамилия встречается спорадически, преимущественно в центральных и южных областях России, но нигде не образует плотных гнёзд. Это говорит о том, что прозвище давали в разных местах независимо друг от друга разным людям — и оно не переросло в массовую фамилию. В дореволюционных метрических книгах её можно найти среди крестьян и мещан, но не в дворянских родословных.

Есть и менее вероятная версия: от диалектного слова «мудорукий» в значении «неуклюжий», «нескладный». Однако она противоречит прямому смыслу корней. Скорее всего, это позднее переосмысление, когда исходное положительное значение забылось, а фамилия стала звучать иронично. Первичным всё же было прозвище мастера, а не недотёпы.