Фамилия Муфатыков — редкий случай, когда основа, скорее всего, не славянская, а тюркская, и при этом фамилия оформлена по русской модели. На это указывает суффикс -ов, который в русском языке означает принадлежность («чей?» — Муфатыков, то есть сын Муфатыка). Но само имя или прозвище Муфатык — явно не русское.

Скорее всего, в основе лежит тюркское имя или прозвище. Вероятнее всего, это форма имени Муфаттах или Муфаттахиддин (арабского происхождения, означает «победитель», «открывающий» или «дающий победу»). В тюркской среде такие имена часто усекались и адаптировались: к основе добавлялся уменьшительный или ласкательный суффикс -ык/-ик. Так имя Муфаттах превратилось в Муфатык — «маленький Муфаттах» или просто «Муфаттах» в ласковой форме. Сын такого человека — Муфатыков.

Географически фамилия тяготеет к регионам, где исторически жили тюркские народы: это Татарстан, Башкортостан, а также Оренбургская и Челябинская области. Встречается она редко, что говорит о её локальном происхождении, возможно, от конкретного родоначальника в одном селе или роде. Сословно предки могли быть государственными крестьянами, тептярями или башкирами, которые при переписях получали фамилии по отцу.

Вторая, менее вероятная, версия связывает основу с арабским словом «муфтий» (исламский богослов). В этом случае Муфатык могло быть искажённой или уменьшительной формой прозвища сына муфтия. Но эта гипотеза слабее, потому что в тюркских языках слово «муфтий» обычно даёт фамилии вроде Муфтиев, без суффикса -ык.

Таким образом, фамилия Муфатыков — это типичный для Поволжья и Приуралья пример, когда мусульманское имя (или прозвище) получило русское фамильное окончание. Носитель фамилии может с высокой долей вероятности считать своими предками татар, башкир или представителей других тюркских народов, живших в XIX веке в сельской местности.