Фамилия Муфина — женская форма редкой фамилии Муфин. Её основа — имя или прозвище Муфа. В русской ономастике такие фамилии обычно отталкиваются от крестильного или мирского имени предка.

Скорее всего, Муфа — это сокращённая, обиходная форма от имени Мухаммед (в русской традиции часто передавалось как Магомет, Мамет, Мамут). В тюрко-татарской среде имя Мухаммед и его производные (Мухаммет, Мухаммад) были чрезвычайно распространены. Усечение до «Муфа» — естественное для живого бытового языка: часть имён теряла слоги, превращаясь в короткие прозвища. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Муфин, то есть сын или потомок Муфы.

Есть и другая версия: в некоторых говорах «муфа» могло быть прозвищем, данным за сходство с муфтой (меховым рукавом) — например, полному или любившему тепло человеку. Но эта версия менее вероятна: прозвища от предметов одежды встречаются, но в русских фамилиях они обычно оформляются суффиксом -ов/-ев (Муфтов), а не -ин. Кроме того, для фамилии Муфин проще и логичнее предположить антропонимическое происхождение.

Географически фамилия Муфин (и Муфина) встречается в Поволжье и на Урале — в зоне активных контактов русского и тюркского населения. В метрических книгах XIX века такие фамилии фиксировались у крестьян и мещан, часто — у татар-мусульман, принявших православие или живших в смешанных сёлах. В советское время фамилия не исчезла, но осталась малочисленной.

Родственная фамилия — Мухаметдинов, Мухаметов, Маметов. Если сравнивать, Муфин — более «обрусевшая» форма, где исходное имя сократилось до удобного для русского уха варианта и получило стандартный патронимический суффикс.