Фамилия Муфтофадинова — редкая и сложносоставная, её происхождение уходит корнями в арабо-персидскую культуру, адаптированную в тюркской среде. Слово состоит из двух частей: «муфто» и «фадин». Первая часть, «муфто», восходит к арабскому «муфти» — знаток шариата, дающий разъяснения по правовым и религиозным вопросам. Вторая часть, «фадин», вероятно, связана с персидским «фадин» или «фади» — жертвующий, отдающий, или с арабским «фади» (спаситель, выкупающий). Вместе имя или прозвище могло означать «муфтий, который жертвует» или «жертвующий ради веры», что указывает на религиозное служение или благочестивый поступок.

Суффикс «-ова» в окончании — типичный русский патронимический формант, который добавили при русификации фамилии. В исходной форме, скорее всего, было имя Муфтофадин, которое в тюркских языках (татарском, башкирском) могло звучать как Мөфтөфадин. Женский вариант на «-а» указывает на то, что носительница — женщина, но сама фамилия образована от мужского имени-прозвища.

Географически фамилия встречается преимущественно в Поволжье и на Урале, среди татар и башкир. Это не случайно: в этих регионах в XIX — начале XX века активно смешивались исламские традиции именования и русская система фамилий. Предки Муфтофадиновых могли быть муллами, учителями медресе или просто уважаемыми людьми, известными своей щедростью и религиозностью.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Муфтахов, Фадинов — подтверждает двойную основу: «муфти» и «фади» встречаются по отдельности, но их слияние в одну фамилию — редкость. Это говорит о том, что прозвище Муфтофадин было личным, а не родовым: его дали конкретному человеку за характер или поступок, а потом закрепили за потомками.

Других версий происхождения, например, от географического названия или профессии, не существует — корни однозначно уходят в религиозную лексику. Фамилия не имеет отношения к русским словам «муфта» или «фада» (устаревшее «досада»), это случайное созвучие.