Фамилия Мугние — редкий случай, когда географический адрес оказывается надёжнее, чем прозрачная этимология. Она почти наверняка происходит от грузинской фамилии Мугние (მუგნიე), которая бытует в Западной Грузии, особенно в Имеретии и Раче. В грузинском языке «мугни» (მუგნი) означает «молот» или «кузнечный молот». Соответственно, Мугние — «сын кузнеца» или «относящийся к кузнецу». Модель образования типична для грузинских фамилий: суффикс -ие (или -е) указывает на принадлежность к роду или местности, а основа — на профессию предка.

Русское окончание -ий в форме «Мугние» — результат адаптации: при записи в российских документах грузинское -ие превратилось в привычное -ий, как у многих закавказских фамилий. Поэтому носители с такой фамилией в России, скорее всего, потомки грузин, переселившихся в XIX–XX веках.

Версия о тюркском корне (например, от «муг» — «волхв» или «жрец» у древних тюрков) маловероятна: такая основа не порождает суффикса -ние в русских фамилиях, а в тюркских языках модель образования иная. Славянского происхождения у «Мугние» тоже нет — ни один известный суффикс (-ов, -ин, -ский, -их) к ней не подходит.

Фамилия остаётся малочисленной. В открытых базах данных она встречается единично, преимущественно на юге России и в Грузии. Это не фамилия знатного рода, а скорее ремесленная: предок был кузнецом, и это занятие закрепилось за его потомками в виде родового имени.