Фамилия Мухаметканова — это женская форма, а её мужской вариант — Мухаметканов. Строится она по стандартной для русского языка модели: к основе добавляется суффикс принадлежности -ов (в женском роде — -а). Это типичный патроним, то есть фамилия, образованная от личного имени отца. В данном случае отцом мог быть человек по имени Мухаметкан.

Имя Мухаметкан — составное, тюркско-арабского происхождения. Первая часть, «Мухамет», — это народная форма имени Мухаммад (в русской традиции — Магомет, Мамет). Вторая часть — «кан» (или «хан»), тюркский титул, означающий «правитель», «владыка». Таким образом, имя Мухаметкан можно перевести как «Мухаммад-хан» или «хан Мухаммад». Имя давалось в честь пророка Мухаммада, но с добавлением титула, что было распространено у татар, башкир и других тюркоязычных народов, исповедующих ислам. Со временем имя утратило буквальное значение «правитель» и стало просто престижным, благословенным именем.

Фамилия Мухаметканова почти наверняка имеет татарское или башкирское происхождение. Её носители — потомки людей, живших на территории Поволжья, Урала или Приуралья. В русской среде такие фамилии на -ов, образованные от мусульманских имён, появились после вхождения этих земель в состав Российского государства. Крестьяне и горожане, не имевшие наследственных фамилий, получали их при переписях или рекрутских наборах по имени отца. Окончание -ов, а не -ин (как в фамилиях от имён на -а/-я), указывает на то, что исходное имя заканчивалось на твёрдый согласный — Мухаметкан.

Встречаются также варианты написания: Мухаметканов, Мухаматканов. Разница в первой гласной (а/е) — следствие особенностей произношения в разных диалектах татарского или башкирского языка. Фамилия не слишком распространена, что говорит о её относительно позднем оформлении и локальном бытовании. Сословно предки Мухаметкановых, скорее всего, относились к государственным или ясачным крестьянам, реже — к тептярям или служилым татарам. Дворянских родов с такой фамилией в Российской империи не зафиксировано.