Фамилия Мухаркина образована от прозвища или нецерковного имени Мухарка. Это уменьшительно-ласкательная форма с продуктивным суффиксом -к(а), характерным для русской обиходной речи. Основа — «мухарь», слово с двойной семантикой. В одних говорах мухарём называли муравья (диалектное «мухарь» или «мураш»), в других — бойкого, суетливого человека, который «мухарит», то есть хлопочет, суетится без толку. Возможно и прямое сравнение с мухой: прозвище могли дать назойливому или быстрому, непоседливому человеку.

Словообразовательная цепочка проста: Мухарь → Мухарка (ласкательное) → Мухаркин (сын или потомок Мухарки). Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Мухаркин. Это типичная модель для русских фамилий, возникших из прозвищ, оканчивающихся на -а/-я. Если бы в основе было имя на согласный, появился бы суффикс -ов/-ев, но здесь именно -ин, что подчёркивает народный, а не книжный характер фамилии.

В отличие от более распространённых «насекомых» фамилий вроде Мухин, Муханов или Комаров, Мухаркин встречается реже. Причина — в диалектной основе. «Мухарь» не вошёл в литературный язык, остался локальным словом. Географически фамилия тяготеет к северным и центральным областям России, где такое прозвище бытовало. Встречается и вариант Мухаркин с ударением на второй слог, что не меняет происхождения.

Сословный состав носителей фамилии неоднороден: как и большинство русских фамилий на -ин, она не была закреплена за дворянством. Скорее всего, предки Мухаркиных были крестьянами или посадскими людьми, получившими фамилию в XVIII–XIX веках при переписях. Никакой связи с тюркскими или финно-угорскими корнями нет — это исконно русская фамилия, образованная от живого народного слова.