Фамилия Мухеева — женская форма от Мухеев, и её происхождение упирается в неожиданный вопрос: что за «мухей» стоял в основе? На первый взгляд корень «мух-» отсылает к насекомому, но в русских фамилиях прозвища по мухе почти не встречаются. Скорее всего, перед нами не прямолинейное прозвище, а результат народной переделки имени или другого слова.

Самая вероятная версия: Мухеев — это русифицированная форма мусульманского имени Мухаммед (Мухаммад). В тюркской и кавказской среде это имя давало фамилии вроде Мухаев, Мухамедов, Мухин. При адаптации в русской среде «Мухай» или «Мухей» легко превращалось в Мухеев — через суффикс -ев, который крепится к основам на -й. Такое переосмысление произошло и с фамилией Муханов (от Мухаммед-хан). Подтверждает эту версию и география: фамилия Мухеев (и Мухеева) заметно чаще встречается в Поволжье и на Урале — регионах, где веками жили татары и башкиры, носители имени Мухаммед.

Есть и альтернативное объяснение, но оно слабее. В некоторых говорах «мухей» или «муха» могло быть прозвищем для назойливого, суетливого человека. Однако в русской ономастике прозвища от насекомых редко становились фамилиями напрямую — обычно они давали основу через отчество (Мухин, например, от «Муха»). Суффикс -еев нехарактерен для таких прозвищ, а вот для адаптации восточных имён — вполне.

С точки зрения словообразования: основа «Мухей» + патронимический суффикс -ев. Ударение, скорее всего, падает на второй слог: Мухе́ева. Фамилия недворянская, не аристократическая — её носители в прошлом, вероятно, были крестьянами или мещанами, получившими фамилию по отцу, которого звали Мухей (местный вариант имени Мухаммед). Таким образом, за «мушиным» звучанием скрывается древнее имя пророка, прошедшее через языки и диалекты.