Фамилия Мухубиев образована от личного имени Мухуби (или Мухуба), которое восходит к арабскому «мухибб» — «любящий», «друг». В исламской традиции это имя часто давали с пожеланием, чтобы человек был любим Богом и людьми, либо в честь одного из эпитетов Всевышнего — Аль-Мухибб (Любящий). Основа фамилии — не тюркская и не кавказская, как может показаться на слух, а арабская, что указывает на её происхождение в среде народов, принявших ислам.

Суффикс «-ев» указывает на русскую модель образования фамилий от имён и прозвищ, оканчивающихся на мягкий согласный или «-а/-я». В данном случае он присоединён к основе «Мухубий» (от имени Мухуби). Такая форма характерна для фамилий, которые возникали в среде горских народов Кавказа, особенно осетин, ингушей, чеченцев, а также народов Дагестана, где арабские имена смешивались с местными, а при оформлении фамилий использовался русский патронимический суффикс.

Географически фамилия Мухубиев распространена преимущественно в Северной Осетии, Ингушетии и Чечне. Встречается и в других регионах России, куда переселялись выходцы с Кавказа, но концентрация остаётся высокой именно на Северном Кавказе. В осетинской среде фамилия могла возникнуть из родового имени (по аулу или фамилии предка), а не из прямого прозвища — иногда Мухубиевыми становились целые кланы, чей основатель носил имя Мухуби.

В дореволюционных записях фамилия могла писаться иначе: Мухубиев, Мухубиевъ, реже — Мухубаев. Вариант с «а» в корне (Мухубаев) указывал бы на имя Мухуба (женская форма), но преобладает именно форма мужского рода. Известных носителей фамилии в общероссийском масштабе нет, что говорит о её локальном бытовании и относительно небольшой численности рода.

Таким образом, фамилия Мухубиев — это типичный пример северокавказской фамилии с арабской корневой основой, оформленной по русской словообразовательной модели. Её носители — потомки людей, которых в роду называли «любящими» или «друзьями», и это имя закрепилось за целым родом.