Фамилия Мукокова звучит непривычно для русского уха, и это первый ключ к её происхождению. Скорее всего, перед нами не славянская, а тюркская фамилия, адаптированная русским языком. Основа «Мукок» или «Мукоко» может быть связана с тюркским прозвищем или именем. В тюркских языках корень «мук» (например, в татарском или башкирском) иногда имеет значение «горе», «печаль», «скорбь». Соответственно, прозвище Мукок могло означать «печальный», «задумчивый» человек, либо даваться с обережной функцией — чтобы отвести от ребёнка беды, назвав его «горем» (как у русских фамилии от имени Некрас или Нелюб).

Однако есть и другая, более прозаичная версия. В некоторых тюркских языках (например, в карачаево-балкарском) слово «мукок» — это местное название растения или мелкого животного (вроде суслика). Тогда прозвище могло относиться к охотнику, земледельцу или человеку с определёнными внешними чертами.

Суффикс «-ова» указывает на то, что фамилия русифицирована по женскому роду (от мужской формы Мукоков). Такое окончание типично для фамилий, образованных от тюркских основ на территории России, особенно в Поволжье, на Урале и в Западной Сибири, где веками жили татары, башкиры, чуваши и другие тюркские народы. Носители фамилии Мукокова — это потомки человека по прозвищу Мукок, который, вероятно, жил в среде, где смешивались русская и тюркская культуры.

В русских документах фамилия встречается редко, что подтверждает её локальный характер. Сравнение с однокоренными фамилиями, такими как Мукокин или Мукаев, показывает, что основа «Мук-» не получила широкого распространения, а значит, прозвище было редким и, возможно, сохранилось лишь в нескольких родах.