Фамилия Муковский происходит от древнейшей формы славянских фамильных прозвищ, образованных от географического названия местности, выходцем из которой являлся один из предков. Фамилия Муковский образована от аналогичного прозвища, которое восходит к названию деревни Муково в Смоленской области. Согласно этому, вполне вероятно, что основатель рода Муковских был уроженцем этого села. Название самого топонима, вероятно, восходит к нарицательному «мука», то есть «смолотое хлебное зерно». В результате, потомок человека, обладающего прозвищем Муковский, со временем получил фамилию Муковский. О точном месте и времени возникновения фамилии Муковский в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Муковский представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.